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  • Some pseudopotentials by the Stuttgart-Dresden-Bonn group

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  • Comic Book Periodic Table of Elements
    A project from the University of Kentucky, showing how chemistry permeates in society through popular art forms
  • The Spectral Game & Chemistry Tiles Game
    It just doesn’t get any geekier than this! In the first one you are supposed to choose the correct structure based on the provided NMR, IR, UV spectra; in the latter you are shown two reactions (or two diagrams) and have to click on the chemically correct one. Lots of fun!
  • Blogastronomy! A personal blog on food stands and restaurants across Mexico City
  1. Apreciado Dr. Joaquin!
    Gracias a su ayuda consegui entender (y/o descubiri) la correspondencia entre los valores de energia de diferentes orbitales lanzados para graficar en GaussView o en Chemcraft. Los valores de energia de los orbitales impresos en la parte del “Natural Bond Orbitals (summary)” son los correlativos.
    Ahora voya molestarlo de nuevo solicitando su insuperable ayuda. Cuando uso el comando #p ub3lyp/Gen pseudo-read pop=(nbo, savenbo) y uso bases
    6-311G(d, p) para C, H, N e S, y base Lanl2DZ para el metal, el programa de analisis de NBO funciona, mas se detiene confundiendo el ordenamiento de los orbitales dandome el siguinet mensaje: NBStor is confused about NOcc.
    Error termination via Lnk1e in C:\G03W\l607.exe at Wed Feb 17 15:33:21 2010.; en cambio cuando substituyo el funcional B3LYP por HF el calculo va sin problemas.
    Estoy concluyendo que: 1) usando B3LYP obtengo información impresa de los enlaces metal-ligante, e incluso de aquellos de larga distancia S…S, sin necesidad de usar el comando $CHOOSE para definir los enlaces que deseo sean impresos, mas, la dificualtad está que las energias de los orbitales del “Natural Bond Orbital (summary)no correspndenm a los que aparecen en el gráfico usando GaussView. 2) Cuando uso HF en vez de B3LYP no hay confusión de energias, mas no me define el calculo los enlaces metal-ligane, solo los enlaces de los ligantes, aun que los especifique co el comando $CHOOSE.
    Mi pregunta es : Cual es el comando apropiado usando B3LYP para que el calculo no de el mensaje arriba emncionado?

    Una útima observación ( o reflexión). Aprendemos lo básico de la TOM attravéz del método más simple, Huckel. Algunas definiciones acompañan el procedimiento: indice de valencia libre, ordel de enlace etc..El orden de enlace considera el número de electrones contenidos en el enlace como una medida del tipo y caltidad de enlace (Coulson); siendo asi, pienso que la “Ocupancia” es sinónimo de esa definición, y que el cálculo del orden de enlace llegaria a ser inoficioso o redundante. Cual es su opinión?
    Bueno, ya le di mucha lata. Quedo a su disposición en lo que necesite de análisis vibracional ( mi especialización)

    Espero no haberlo molestado mucho. Éxitos enormes en la tierra de Vlad Tepes!!!

    Claudio

  2. Estimado Claudio

    Me da mucho gusto que encuentres útil este blog así como poder serte de ayuda.
    Por lo que leo tu cálculo no procede cuando usas DFT. DFT tiene algunos problemas con NBO por su propia naturaleza, los orbitales de Kohn-Sham no son siempre fácilmente reortonormalizables. Tu conclusión “1)” es erronea, no estás obteniendo información de interacciones deslocalizadas (NBO es un análisis enteramente localizado) aquí el problema es que tienes un sistema de capa abierta, eso proveé de más problemas para el algoritmo. Me serviría un poco más de información para poderte ayudar con mayor precisión de modo que pudieras utilizar B3LYP, aunque yo confiaría más en los resultados UHF.
    Sobre el órden de enlace; considero que no es redundante su cálculo, la ocupación de cada orbital no necesariamente te habla de la covalencia del enlace (que tan localizado está sobre un centro u otro). NBO te ofrece un par de órdenes de enlace que son muy estables respecto del cambio de base y que además están asociados a un orbital de ocupación -cercana- a 2.
    Si hay algo más que pueda hacer por ti no dudes en contactarme, solo quisiera pedirte un favor: coloca tus comentarios en los posts correspondientes (este por ejemplo en “NBO Analysis”) para que otros puedan leerlos cuando estén buscando información referente.
    Muchas gracias por tus deseos y mucho éxito para ti también

    J.

  3. hola que tal, he estado revisando su pagina
    y he encontrado varias soluciones a mis prblemas
    con gaussian 09 pero tengo en especial
    ya que no puedo abrir el archivo .fchk me marca
    error y me dice lo siguiente
    CConnectionGFCHK:: Parse_GFCHK ()
    Missing or bad data: IBond Missing or bad data: IBond
    Last line read = 454 Last line read = 454

    • Hola Alex
      ¿Generaste el archivo .fchk en la misma computadora en la que se calculó el .chk? Muy posiblemente sea un conflicto de arquitecturas (32 vs 64 bits). La otra explicación es que posiblemente tu archivo se encuentre defectuoso por algún error durante el proceso ¿tu trabajo terminó correctamente? ¿Qué versión de GaussView estás usando? entiendo que a veces G09 y GV3.x no son compatibles. De ser este el caso y no contar con versiones más recientes, intenta usar otro visualizador como Pymol o chimera.
      Espero que te sirva pero si acaso no funciona ninguna de estas sugerencias dame más datos de tu problema y con gusto te ayudo a resolverlo.

      Saludos y que tengas un buen día.

  4. Si, se genero el archivo .fchk en la misma computadora en el que se calculo el archivo .chk.
    Al revisar el archivo de salida no marca ningun error
    y al abrirlo se utiliza gauss view 5.

  5. No se cual se el problema
    gracias por tu ayuda saludos

  6. Dr. Joaquin Barroso,

    I am currently trying to learn CASSCF calculations and reading through the literature I keep running into words like “natural orbital occupational numbers.” Are these the same as those that you get from the density matrix? (the orbital occupational numbers?).

    Thanks!

  7. Dr. Joaquin B.,

    Actualmente me encuentro realizando algunos cálculos con Pt en gaussian. Estoy empleando un ECP, LanL2DZ, sin embargo deseo utilizar un ECP que tenga en cuenta los efectos relativísticos (Multi electron Dirak-Fock), el cual se encuentra publicado en la página del instituto de química teórica de la universidad de Stuttgart:

    Pseudopotential ECP60MDF for Pt

    ! Q=18., MEFIT, MCDHF+Breit+shift, Ref 48.
    ECP,Pt,60,5,4;
    1; 2,1.000000,0.000000;
    2; 2,14.604500,429.646087; 2,7.218287,73.156884;
    4; 2,11.577162,88.022917; 2,10.883843,175.998196; 2,6.424403,13.682274; 2,5.224198,27.414651;
    4; 2,7.699610,43.557852; 2,7.550808,65.369108; 2,3.961164,7.018596; 2,3.872777,11.391733;
    2; 2,3.379869,10.710220; 2,3.326255,14.278125;
    2; 2,5.452020,-11.651749; 2,5.412585,-14.375525;
    4; 2,11.577162,-176.045835; 2,10.883843,175.998196; 2,6.424403,-27.364549; 2,5.224198,27.414651;
    4; 2,7.699610,-43.557852; 2,7.550808,43.579405; 2,3.961164,-7.018596; 2,3.872777,7.594488;
    2; 2,3.379869,-7.140146; 2,3.326255,7.139063;
    2; 2,5.452020,5.825874; 2,5.412585,-5.750210;
    ! References:
    ! [48] D. Figgen, K.A. Peterson, M. Dolg, H. Stoll, J. Chem. Phys. 130, 164108 (2009).

    La pregunta concreta es, que no sé cómo incluir este pseudopotencial en el archivo de entrada de Gaussian, tengo entendido que es empleando el keyword pseudo=read, pero no entiendo cómo podría acoplarlo.

    Muchas gracias por su atención.

    Saludos,

    Carlos.

    • Hola Carlos

      Primero que nada mil perdones por la tardanza de mi respuesta, espero que ésta no sea ya anacrónica.
      Hace mucho que no edito estos pseudopotenciales y no tengo ningún archivo viejo a la mano. A ver si recuerdo:

      Pt 0
      MEFIT 0 60
      nombre-1aPARTE
      1
      2 1.000000 0.000000
      nombre-2aPARTE
      2
      2 14.604500 429.646087
      2 7.218287 73.156884
      nombre-3aPARTE
      4
      2 11.577162 88.022917
      2 10.883843 175.998196
      2 6.424403 13.682274
      2 5.224198 27.414651
      etc. (sin olvidar el blank line al final de éste bloque)

      La lógica a seguir es la siguiente: El ECP viene dividido en bloques de acuerdo al valor de l (i.e. la simetría de la subcapa de electrones que va a sustituir). La primera parte (de ahí MI nomenclatura de ‘nombre-1aPARTE’) describe un orbital s (por decir algo, no necesariamente es el caso) y hay que ponerle un nombre, el que sea. El primer número de 1 dígito (y que viene ANTES del punto y coma ‘;’) indica cuantas líneas vienen a continuación. El segundo número de un dígito es ya parte del ECP. Hay que remover las comas por supuesto.
      De este modo la línea:
      4; 2,11.577162,88.022917; 2,10.883843,175.998196; 2,6.424403,13.682274; 2,5.224198,27.414651;

      se vuelve:
      4
      2 11.577162 88.022917
      2 10.883843 175.998196
      2 6.424403 13.682274
      2 5.224198 27.414651

      en cuanto a la línea ‘MEFIT 0 54′:
      El ECP necesita un nombre (MEFIT) el valor de l mínimo al que aplica (0 = orbitales s, estoy asumiendo un full core ECP) y el número de electrones a reemplazar (nuevamente estoy asumiendo un full core, i.e., reemplazo de TODO el kernel).
      Si quisieras usar otro ECP para otro átomo en el mismo archivo, se separan sin necesidad de líneas en blanco o ‘****’ como en el caso de las bases. Ejemplo:
      Pt 0
      MEFIT 0 54
      numbers
      numbers
      Te 0
      TEECP 0 36
      numbers
      numbers
      blankline

      Espero haber sido de ayuda, por favor déjame saber si estoy en lo correcto porque hace mucho tiempo que no hago esta edición.

      Gracias por leer. Saludos!

    • PD Sí se necesita declarar en el Route Section la variable pseudo=read. Los parámetros del pseudopotencial se colocan hasta el final del archivo, luego de la especificación de la molécula o incluso luego de la base si es que estuvieras incluyendo una base externa con ‘gen” (Ej. B3lyp/gen o RHF/gen)

      Saludos y gracias!

  8. Dear Jaquiin,
    When i do the CCSD(T)/6-311++G**//B3LYP/6-31+G* single poind energy calculation using G09, after long time the out put file shows the following error. i.e.,
    Warning!!: The largest alpha MO coefficient is 0.12759641D+03

    How can i solve this?. Please help me. Thank You!

    Regards,
    Desikan.

    • Hi Desikan
      This is caused by collinearity in the overlap matrix. There are basis functions that are too similar, and when the overlap matrix is diagonalized there are eigenvalues that are too close to being zero
      This problem can be minimized by using smaller basis sets.

      I hope this helps!

      • Dear Dr. Joaquin,

        I’m facing the same problem. I optimized my molecule with B3LYP/TZVP, then I tried to calculate the electronic absorption spectra by using the same theory level. Is there any other way to solve this problems instead of using a smaller basis sets?

        Thank you in advanced.

        Danilo Olivier

  9. Dear sir,
    I am ninad studing on kinetic stability of one molecule .what should be the HOMO -LUMO energy gap so that we conclude that molecule is unstable.molecule is polyclic aromatic compound with hetero atoms..

  10. Dear sir,
    I am ninad studing on kinetic stability of one molecule .what should be the HOMO -LUMO energy gap so that we conclude that molecule is unstable.molecule is polycyclic aromatic compound with hetero atoms..

    • Hello Ninad

      The kinetic stability of a molecule is a property derived from molecular dynamics and has a statistical mechanics background; all quantum calculations are performed in stationary state, in a vacuum at absolute zero (0.0K, -273.15 °C). Therefore the HOMO LUMO gap is useless to achieve what you desire. I strongly suggest you switch to MD or even AIMD if possible to calculate kinetic stabilities.

      I hope this helps. Thanks for reading!

  11. Dear Joaquin,

    I’ve tried a lot to plot my NBO data on the molekel 5.4, but I could not get any results. I worked with version 4.3, but I lose it. Could you please send me or tell where I can find this version again?

    Thanks a lot.

    Best regards!

  12. Dear Joaquin

    I have a question about gauss view error when i open .fchk file with gauss view 5.0 version

    The error message is follow as

    CConectionGFCHK:: Parse_GFCHK()
    Missing or bad data: Alpha Oribtal Energies Line Number 2028

    Actually, i have seen answer of this problem, but i can’t understand the language.

    How can i solve this problem??

    Do i have to calculate again?? or there is solution to solve this problem??

    Sincerely

    SunWoo Kang

    • Hello

      This could be due to one of two things. Either the calculation finished with an error or it was performed with another computer (a different architecture 64 or 32 bits which are not transferable)

      Either one of these problems can’t be solved, the calculation needs to be run again. I hope I’m wrong but I think I’m not :-(

      Hope this helps

      • Hello,

        I had the same error pop up when opening a chk file in Gaussview (5.0.8) corresponding to structures optimised using B3LYP/6-311+G(d,p) with a psuedopotential for the metal atom. The optimisation had converged normally and a stationary point was found(freq calcs backed this up). Even stranger was the fact that I could open the chk files when the calculation was performed at B3LYP/6-31G(d) only.

        To cut a long story short a colleague provided a solution:

        Convert the chk to fchk.
        Open the fchk file and search for the term ‘independent’ – this is towards the top of the file (line 13 for me)
        Change to ‘independant’ – save and try to open again in Gaussview.

        This worked for me – the spelling error was the cause of the problem – apparently this is now fixed in 5.0.9

        Hope this information is of some use

        PS Great site – have found many solutions to my computational problems here

        Best wishes

  13. Thanks for this I had exactly the same problem with purely organic molecules with B3LYP/6-31++G(d,p). Changing independent to independant in the formatted checkpoint file enabled me to use it in Gaussview.

  14. Hi
    How can I open a chk file with text editors to changing independent to independant? I have the same problem to opening a chk file that was calculated by GEN command. But when I change chk extension th fchk and open it with text editors, cant read it.
    sincerely

    • Hello Reza,

      You can’t just change the extension from chk to fchk in order to read it with a text editor. You need to transform it from the command line with the utilities built in Gaussian in the following way. Try to google format chk file in gaussian.com

      I hope this helps. Have a nice day!

  15. Wow, wonderful blog layout! How long have you been blogging for?
    you made blogging look easy. The overall look of your site is fantastic,
    let alone the content!

  16. Hello Dear Dr Barroso

    I study fluorinated compound properties using high level ab initio methods such as CBS-QB3 and G3 methods. I performed CBS-QB3 calculations on (CF3)3COH molecule using:
    %rwf=D:\SCRA,50GB,E:\SCRA,-1
    %NOSAVE
    %Chk=1.chk
    %nprocshared=4
    %mem=100MW
    # CBS-QB3
    My system: Memory (RAM): 8GB, Processor: Intel(R) Core(TM) i7-2700K CPU @ 3.50GHz
    I installed Gaussian 09 on D drive. I changed default route to MAXDISK=100GB, MEMORY=4GB
    Unfortunately, when I performed calculations, this error was occurred:
    Internal consistency error detected in FileIO for unit 1 I= 6 J= 0 IFail= 1.
    .
    .
    .
    Number 0
    Base 20480
    End 67072
    End1 67072
    Wr Pntr 20480
    Rd Pntr 20480
    Length 46592
    Error termination in NtrErr:
    NtrErr called from FIOCnC.
    The above error was occurred in this step:
    #N Geom=AllCheck Guess=TCheck SCRF=Check CCSD(T)/6-31+G(d’)
    I will be very happy help me to solve this problem.

    Thanks in advance
    Ali

  17. Esmaeil mousavi

    hi dear friend
    I have same error in my project.
    If you help me to solve my problem, I will be very happy.
    Thanks a lot.
    Esmaeil mousavi

  18. I was curious if you ever considered changing the page layout of your blog?
    Its very well written; I love what youve got to say.
    But maybe you could a little more in the way of content so people
    could connect with it better. Youve got an awful lot of text for only having one or 2 images.
    Maybe you could space it out better?

  19. Great beat ! I would like to apprentice while you amend your web site,
    how can i subscribe for a blog website? The account
    helped me a acceptable deal. I had been a little bit acquainted of this your broadcast provided bright clear concept

  20. Woah! I’m really digging the template/theme of his site.
    It’s simple, yet effective. A lot of times
    it’s
    challenging to get that “perfect balance” between superb usability
    and visual appeal. I must
    say that you’ve done a great job with this. Also, the blog loads
    extremely quick for me on Safari. Excellent Blog!

  21. Dear Sir I have a problem, when I am opening .fchk file in gaussvies this error is comming.
    CConnectionGFCHK::parse-GFCHK()
    Missing or bad data: Alpha Orbital Energies
    Line Number 767

    please let me knoe how to deal with it

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